TEGUH HERIYANTO: DETEKSI BAKTERI Vibrio PADA PERAIRAN LAUT

Laporan Praktikum Mikrola

DETEKSI BAKTERI Vibrio PADA PERAIRAN LAUT

Oleh

TEGUH HERIYANTO

0904121598

Kelompok 5

Hari Jum’at

ILMU KELAUTAN

LABORATURIUM TERPADU MIKROBIOLOGI LAUT

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

UNIVERSITAS RIAU

PEKANBARU

2011

KATA PENGANTAR

Puji syukur kehadirat Allah SWT yang telah memberikan rahmat dan karunia-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan Laporan Praktikum Mikrobiologi Laut dimana laporan ini merupakan salah satu syarat masuk praktikum Mikrobiologi Laut berikutnya. Serta Shalawat dan salam kepada Rasulullah SAW yang telah megajarkan kita agar selalu menuntut ilmu sampai akhir hayat nanti. Ucapan terima kasih penulis sampaikan kepada asisten yang telah banyak membantu, terutama dalam melakukan praktikum.

Sebagai manusia penyandang relativitas kebenaran, penulis sangat menyadari adanya kekurangan didalam pembuatan laporan ini. Atas segala kekurangan tersebut penulis mengharapkan kritik dan saran yang membangun dari pembaca.

Penulis juga ingin mengucapkan terimakasih kepada asisten yang telah memberikan bimbingan didalam praktikum dan pembuatan laporan ini. Akhirnya penulis berharap semoga laporan ini dapat bermanfaat bagi kita semua.

Pekanbaru, 21 Desember 2011

Teguh Heriyanto

DAFTAR ISI

Halaman

KATA PENGANTAR............................................................................. i

DAFTAR ISI ii

DAFTAR GAMBAR............................................................................... iii

DAFTAR TABEL.................................................................................... iv

DAFTAR LAMPIRAN........................................................................... v

I. PENDAHULUAN

1.1. Latar Belakang............................................................................ 1

1.2. Tujuan dan Manfaat.................................................................... 1

II. TINJAUAN PUSTAKA................................................................. 3

III. BAHAN DAN METODE

3.1. Waktu dan Tempat..................................................................... 5

3.2. Bahan dan Alat........................................................................... 5

3.3. Metodologi................................................................................. 5

3.4. Prosedur Praktikum.................................................................... 6

IV. HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1. Hasil…........................................................................................ 9

4.2. Pembahasan................................................................................ 10

V. KESIMPULAN DAN SARAN

5.1. Kesimpulan................................................................................. 13

5.2. Saran........................................................................................... 13

DAFTAR PUSTAKA

LAMPIRAN

DAFTAR GAMBAR

Gambar Halaman

1. Koloni sampel bakteri vibrio................................................................. 9

2. Koloni Preparat bakteri setelah uji pewarnaan Gram........................... 10

3. Preparat bakteri setelah uji Katalase...................................................... 10

4. Preparat bakteri setelah uji Motilitas..................................................... 10

DAFTAR TABEL

Tabel Halaman

1. Koloni bakteri pada pengenceran10^-3(individu)................................... 11

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran Halaman

1. Alat dan bahan yang digunakan........................................................... 16

I. PENDAHULUAN

1.1. Latar Belakang

Mikroorganisme atau mikroba adalah organisme yang berukuran sangat kecil sehingga untuk mengamatinya diperlukan alat bantuan. Mikroorganisme disebut juga organisme mikroskopik. Mikroorganisme seringkali bersel tunggal (uniseluler) maupun bersel banyak (multiseluler). Namun, beberapa protista bersel tunggal masih terlihat oleh mata telanjang dan ada beberapa spesies multisel tidak terlihat mata telanjang. Virus juga termasuk ke dalam mikroorganisme meskipun tidak bersifat seluler.

Bakteri Vibrio merupakan genus yang dominan pada lingkungan air payau dan estuaria. Umumnya bakteri Vibrio menyebabkan penyakit pada hewan perairan laut dan payau (Irianto, 2003). Oleh sebab itu, merupakan hal yang sangat penting untuk menganalisis apakah di suatu oerairan tersebut terdapat bakteri Vibrio atau tidak karena jika organisme laut yang sering kita konsumsi mengandung Vibrio maka dampak buruknya juga akan dirasakan oleh manusia.

1.2. Tujuan dan Manfaat

Tujuan praktikum mikrobiologi kali ini adalah untuk mengetahui cara mendeteksi bakteri vibrio pada perairan laut dan untuk mengetahui perairan seperti apa yang terdapat vibrio.

Adapun manfaat dari praktikum ini yaitu untuk mengetehui perairan laut seperti apa yang terdapat bakteri vibrio dengan melihat faktor suhu, tingkat salinitas, kualitas perairan serta daerah penyebaran bakteri vibrio.

II. TINJAUAN PUSTAKA

Mikroorganisme laut pada dasarnya sangat beragam, sebagaimana halnya dengan kerabat Mikroorganisme yang ada di darat. Organisme yang dapat dikelompokkan sebagai mikrobia laut antara lain adalah protista, sianobakteri (cyanobacteria), bakteri, jamur, dan virus. Mikroorganisme tersebut berperan penting dalam proses-proses yang berlangsung dalam kolom-kolom air laut (Feliatra, 2010).

Bakteri laut ada yang berasal dari daratan yang masuk melalui aliran sungai dan ada yang dari lautan itu sendiri. Di perairan laut penyebaran bakteri sangat luas dari permukaan sampai ke dasar laut dalam (Ruyitno, 1991). Sedangkan menurut Fardiaz (1992) bakteri yang terdapat didalam air berasal dari berbagai sumber seperti udara, tanah, lumpur, sampah, tanaman hidup atau mati, hewan hidup atau mati (bangkai), kotoran manusia atau hewan, bahan organik lainnya dan sebagainya.

Menurut Sabdono (2001), Bakteri adalah organisme prokariotik yang tidak memiliki inti sel yang hanya terdiri dari sel tunggal, meskipun sering berkembang dalam kelompok bakteri yang melekat satu sama lain. Kelompok bakteri ini disebut koloni. Genom bakteri terdiri dari DNA untaian ganda yang berbentuk lingkaran, terdapat dalm sitoplasma sel. Molekul DNA yang besar merupakan gen bakteri. Sedangkan yang berbentuk kecil disebut dengan plasmid.

Vibrio adalah salah satu jenis bakteri yang tergolong dalam kelompok marine bacteria. Bakteri ini umumnya memiliki habitat alami di laut. Secara umum, bakteri vibrio bersifat aerob, tetapi ada pula yang bersifat anaerob fakultatif. Beberapa jenis spesies vibrio yang ditemukan pada lingkungan perairan yaitu Vibrio alginolyticus, V. damsela, V. charchariae, V.anguilarum, V. ordalli, V. cholerae, V. salmonicida, V. vulnificus, V. parahaemolyticus, V. pelagia, V. splendida, V. fischeri dan V. harveyi (Feliatra, 1990). Selain itu, menurut Elmanama (2007) vibrio juga bersifat motil karena pergerakannya dikendalikan oleh flagela polar, tergolong bakteri gram negatif dan berbentuk batang yang melengkung (seperti tanda koma).

Sterilisasi adalah tindakan untuk membebaskan alat atau media dari mikroorganisme. Sterilisasi dapat dilakukan dengan pemanasan, filtrasi, kimia (chemis) dan penyinaran dengan sinar gelombang pendek (radiasi). Tujuan dilakukan sterilisasi adalah agar mengurangi atau memusnahkan mikroorganisme kontaminan pada alat atau media yang digunakan (Feliatra, 2010).

Media pertumbuhan mikroorganisme merupakan suatu bahan yang berisi nutrient (zat makanan) yang dibutuhkan bagi mikroorganisme untuk pertumbuhannya. Mikroorganisme memanfaatkan nutrisi media berupa molekul-molekul kecil yang dirakit untuk menyusun komponen sel.

III. BAHAN DAN METODE

3. 1. Waktu dan Tempat.

Praktikum Mikrobiologi Laut ini dilaksanakan pada tanggal 16 – 19 Desember 2011 pada pukul 14.00 WIB sampai dengan selesai di Laboratorium Mikrobiologi Pangan Fakultas Perikanan Dan Ilmu Kelautan Universitas Riau Pekanbaru.

3.2. Bahan dan Alat

Bahan yang digunakan dalam praktikum ini adalah air laut di Bengkalis, TCBS (Thyosulphat Citrat Bille Salt Sucrouse), TSA (Trypthone Soya Agar), NaCl 1,25 gram, KCl, MgSO₄, ethil-alkohol, larutan crystal violet, safranin, iodin, H₂O_2,spritus, kertas label, aluminium foil, aquades. Sedangkan alat yang digunakan dalam pratikum ini adalah tabung reaksi, cawan petridish, inkubator, autoklaf, transfer pette, pipet tetes, kompor listrik, lampu bunsen, erlenmeyer, gelas ukur, jarum ose, mikro pipet, hand refractometer, timbangan digital, alat-alat tulis dan buku penuntun praktikum.

3.3. Metode Praktikum

Metode yang digunakan dalam praktikum ini adalah pengamatan secara langsung, diteruskan dengan penghitungan jumlah koloni bakteri dan kemudian diidentifikasi dengan uji pewarnaan gram, uji katalase dan uji motilitas.

3.4. Prosedur Praktikum

Sterilisasi Alat :

Petri Disk 3 buah dan tabung reaksi 5 buah dibungkus dengan kertas guna menghindari adanya interaksi organisme dari lingkungan. Wadah yang telah dibungkus dimasukkan ke dalam autoklaf yang telah diberi air (5 L) pada bagian dasarnya. Autoklaf yang telah berisi dipanaskan dengan suhu 121 C (250 F) selama 10 menit. Setelah 10 menit, autoklaf dibiarkan dan dikeluarkan uapnya lalu setelah uapnya keluar semua, wadah dikeluarkan dari autoklaf dan dibiarkan agak dingin.

Pembuatan Larutan Psyologis :

1000 ml aquades + 0,9 % NaCl, dicampurkan dalam erlenmeyer lalu dipanaskan sampai mendidih.

Pembuatan Media Kultur Agar :

28 gr TCBS + 1000 ml aquades, dicampur dalam erlenmeyer lalu dipanaskan sampai mendidih, sambil terus diaduk dan jangan sampai meluap. Lalu masing – masing di bagi 50 ml untuk setiap kelompok, campurkan 1,25 gram NaCl ke dalam media TCBS lalu diaduk agar NaCl tidak menggumpal. Media lainnya adalah media NA, 28 gr NA + 1000 ml aquades, dicampur dalam erlenmeyer lalu dipanaskan sampai mendidih, sambil terus diaduk dan jangan sampai meluap. Masukkan larutan dalam petridisk kemudian dinginkan sampai beku.

Pengenceran :

Masing-masing tabung reaksi diberi label dengan label 10 yang berisi 10 ml aquades dan 10^-1, 10^-2, 10^-3, 10^-4yang berisi 9 ml larutan Psyologis. Kemudian untuk tabung label 10 masukkan 1o ml sampel air laut kemudian kocok angka delapan. Setelah itu ambil 1 ml larutan dari tabung 10kemudian masukkan ke tabung 10^-¹ kocok angka delapan. Lakukan perlakuan yang sama pada tabung-tabung selanjutnya sampai tabung 10^-⁴.

Penanaman Bakteri :

Siapkan 3 buah cawan petri yang sebelumnya masing – masing telah diberi label pengenceran 10^-2, 10^-3dan 10^-4, kemudian sampel pada pengenceran 10^-2, 10^-3, 10^-4dimasukkan ke masing – masing cawan petri setelah itu media TCBS dimasukkan lalu digoyang – goyangkan seperti angka delapan.

Pada saat memindahkan/memasukkan sampel haruslah didekat lampu bunsen untuk mengurangi kontaminan dan segera menutup alat (tabung reaksi dengan kapas, petridish dengan tutupnya). Lalu diletakkan dalam oven dan dibiarkan selama 24 jam.

Menghitung Jumlah Koloni, Melihat Bentuk dan Warna Koloni :

Hitung jumlah, amati bentuk dan warna koloni yang sudah tumbuh secara manual dengan cara lihat dan sesuaikan dengan kertas petunjuk yang diberikan. Catat hasil yang didapat kemudian ambil sampel koloni yang akan dijadikan sampel bakteri individu.

Pembuatan Bakteri Individu :

Siapkan media NA pada petridisk yang sudah disterilisasi tanpa kadar salinitas. Panaskan jarum Ose dengan lampu bunsen sampai jarum bewarna merah dan kemudian letakkan di pinggir media yang tidak ada koloni sebelum mengambil bakteri. Setelah itu gores koloni bakteri yang akan ditanam dengan menggunakan ujung jarum Ose. Bakteri yang di dapat di jarum Ose, kemudian pada media baru (NA tanpa salinitas) digoreskan secara zik-zak. Biarkan selama 24 jam agar bakteri dapat tumbuh. Setalah tumbuh, hitung bakteri yang tumbuh, lihat bentuk dan warna sesuai dengan kertas petunjuk yang diberikan.

Identifikasi Bakteri

Pewarnaan Gram :

Objek glass yang telah dioleskan sampel diberi setetes larutan crystal violet, diamkan selama 1 menit lalu cuci atau siram dengan air. Setelah itu tetesi larutan iodine dan perlakuan yang sama seperti sebelumnya. Kemudian tetesi larutan alcohol, beri perlakuan yang sama seperti sebelumnya. Dan tetesi lagi larutan sapranin, diamkan selama 15 detik dan cuci dengan air. Amati di bawah mikroskop perbesaran 10 x 100 atau di bawah cahaya terang, guna mendapati warna pada sampel tersebut. Jika berwarna ungu maka sampel tersebut positif, apabila berwarna merah jambu maka sampel negatif.

Uji Katalase

Preparat ke 2 ditetesi larutan H₂O₂ 3% diamkan untuk beberapa waktu. Apabila muncul gelembung maka uji katalase sampel tersebut positif, tapi apabila tidak muncul gelembung maka uji katalase sampel tersebut negatif.

Uji Motilitas

Objek gelas dikeringkan dan ambil bakteri denagn menggunakan jarum ose. Setelah itu teteskan aquades dan lihat pergerakan bakteri di bawah mikriskop. Jika bekteri bergerak maka bakteri bersifat motil dan juka bakteri tidak bergerak maka bakteri bersifat tidak motil.

IV. HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1. Hasil

Hasil laporan praktikum ini dibagi menjadi dua yakni kelompok dan individu. Kelompok 5 deteksi bakteri vibrio pada perairan laut.

Pada penanaman dengan media TCBS yang telah diinkubasi selama 24 jam, tidak ditemui 1 koloni bakteri pun yang tumbuh pada tiap cawan petri yang ada. Selanjutnya untuk praktikum individu menggunakan sampel bakteri kelompok 3 dengan pengenceran 10^-3, kemudian ditanam pada bakteri NA dengan inkubasi 24 jam.

Tabel 1. Koloni bakteri pada pengenceran10^-3(individu)

Salinitas	Pengenceran	Warna	Bentuk	Jumlah Koloni	Jumlah Sel
0 %₀	10^-3	Putih Cream	Bundar, bertepian licin dan elevasi timbul	60	60 : 10^-3= 60.000

Gambar 1. Koloni sampel bakteri vibrio

Gambar 2. Preparat bakteri setelah uji pewarnaan Gram

Gambar 3. Preparat bakteri setelah uji Katalase

Gambar 4. Preparat bakteri setelah uji Motilitas

4.2 Pembahasan

Sampel air laut yang diambil dari lapangan berjarak 2 -3 hari pada saat dijadikan sampel praktikum deteksi bakteri vibrio namun dalam pendeteksian bakteri vibrio dengan media TCBS, tidak ditemukan 1 koloni bakteri vibrio pun yang tumbuh pada setiap cawan petri. Ketika dianalisis lebih lanjut terhadap prosedur di laboratorium seperti strerilisasi, pembuatan media yang telah disesuaikan dengan salinitas air sampel yakni 25 ppt, pegenceran, penanaman bakteri dan inkubasi, semuanya telah dilakuakn dengan prosedur yang tepat.

Dugaan sementara terhadap permasalahan tersebut adalah penentuan titik pengambilan sampel yang kurang tepat atau penanganan sampel yang kurang baik pada saat pengambilan sampel di lokasi hingga dibawa ke laboratorium atau memang pada sampel air tersebut tidak terdapat bakteri vibrio. Oleh sebab itu dibutuhkan pengamatan lebih lanjut kepada praktikan selanjutnya.

Pada sampel bakteri individu setelah melakukan pengujian pewarnaan gram terlihat bahwa bakteri vibrio tersebut merupakan bakteri gram negatif. Hal ini dapat dilihat dari pengamatan di bawah mikroskop, koloni bakteri tersebut berwarna merah muda. Gram-negatif adalah bakteri yang tidak mempertahankan zat warna kristal violet sewaktu proses pewarnaan Gram sehingga akan berwarna merah bila diamati dengan mikroskop (Madigan et al, 2006). Adapun karakteristik bakteri gram negatif (Prescott et al, 2002) adalah sebagai berikut

Karakteristik	Gram negatif
Dinding sel	Peptidoglikan (2-7 nm) di antara membran dam dan luar, serta adanya membran luar (7-8 nm tebalnya) yang terdii dari lipid, protein, dan lipopolisakarida
Bentuk sel	Bulat, oval, batang lurus atau melingkar seprti tand koma, heliks atau filamen; beberapa mempunyai selubung atau kapsul
Reproduksi	Pembelahan biner, kadang-kadang pertunasan
Metabolisme	Fototrof, kemolitoautotrof, atau kemoorganoheterotrof
Motilitas	Motil atau nonmotil. Bentuk flagela dapat bervariasi-polar,lopotrikus (lophtrichous), petritrikus (petritrichous).
Anggota tubuh (apendase)	Dapat memiliki pili, fimbriae, tangkai
Endospora	Tidak dapat membentuk endospora

Sedangkan hasil dari Uji Katalase adalah gram negatif. Hal ini dapat dilihat dari reaksi yang dihasilkan ketika sampel bakteri diberikan larutan Hydrogen peroxide 30% tidak mengeluarkan gelembung – gelembung gas.

Dari uji motilitas (daya gerak bakteri) yang diamati di bawah mikroskop terlihat bahwa bakteri tersebut bersifat tidak motil atau tidak ada pergerakan. Padahal seyogiyanya bakteri vibrio bersifat motil. Dugaan sementara pada permasalahan tersebut adalah dikarenakan resolusi mikroskop kurang baik dan begitu juga keadaan mikroskop kurang baik sehingga sulit untuk melihat aktivitas pergerakan bakteri yang ukurannya sangat kecil. Menurut Hastuti (2002) kebanyakan sel bakteri dapat bergerak dengan menggunakan flagel, akan tetapi ada bakteri yang tidak dapat bergerak karena tidak memiliki falagel. Hal ini senada dengan pernyataan Taringan (1988) yang menyatakan bahwa gerak bakteri terjadi pada bakteri yang mempunyai flagel, karena flagel ini merupakan alat gerak bagi sel bakteri.

IV. KESIMPULAN DAN SARAN

5.1. Kesimpulan

Dari hasil praktikum didapatkan kesimpulan bahwa setiap melakukan praktikum sebaiknya dilakukan sterilisasi terhadap alat atau media agar mengurangi mikroorganisme kontaminan.

Pengujian pewarnaan Gram dan Katalase membuktikan bahwa bakteri vibrio merupakan bakteri Gram negatif karna diperoleh warna merah muda dan adanya gelembung gas. Paada pengujian motilitas diketahui bahwa bakteri termasuk tidak motil, namun seyogianya bakteri vibrio bersifast motil. Pengamatan tersebut kurang jeli dikarenakan keterbatasan kapasitas alat.

5.2. Saran

Agar pratikum ini dapat berjalan dengan lancar dan baik maka diharapkan adanya kerjasama yang baik antara praktikan dan asisten. Kelengkapan alat dan media juga sangat perlu diperhatikan agar praktikum dapat berjalan lancar dan tepat waktu.

DAFTAR PUSATAKA

Elmanama AA. 2007. Diagnostic Medical Microbiology [terhubung berkala]. http://www.iugaza.edu.ps/emp/emp_folders/615/DiagnosticMicrobiologyHand_out.pdf [17 Apr 2009].

Fardiaz, S. 1992. Mikrobiologi Pangan Jilid I. PT. Gramedia. Jakarta. 320 hal

Feliatra 1999. Identifikasi bakteri patogen (Vibrio sp) di perairan Nongsa Batam propinsi Riau. J Natur Indones 1I(1):28-33.

Feliatra. 2010. Buku Petunjuk Praktikum Mikrobiologi Laut. Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Riau. Pekanbaru

Hastuti, Sri Utami. 2002. Petunjuk Praktikum Mikrobiologi. Malang: UM Press.

Irianto, Agus. 2003. Probiotik akuakultur. Gadjah Mada University Press. Purwokerto.

Madigan MT, Martinko JM, Brock TD. 2006. Brock Biology of Microorgnisms. New Jersey: Pearson Prentice Hall.

Prescott LM, Harley JP, Klein DA. 2002. Microbiology. 5th Ed. Boston: McGraw-Hill.

Ruyitno. 1991. Marine Microbiology. Canbridge University press

Sabdono, A .2001. Identifikasi dan Analisis bakteri Karang di laut Jawa. UGM. Yogyakarta

Taringan, Jeneng. 1988. Pengantar Mikrobiologi. Jakarta: Depdikbud.

LAMPIRAN
Lampiran 1. Alat dan Bahan

Transfer ped Cawan petridish

Gelas Ukur Mikroskop Timbangan

Lampu bunsen Larutan yang digunakan

Erlenmeyer Obyek glass Tabung reaksi